Изградњом Студенице и преносом Немањиних моштију у њу, почело је да куца само срце Српске Православне Цркве, чија је глава до данас остала узвишена и света Патријаршија у Пећи. Студеници се непрестано враћао и сам Свети Сава, не заборављајући очеву задужбину и гробну цркву. Са посебном бригом ослушкивао је дамаре њеног бића старајући се, и издалека, о студеничком братству и игуманима. Игуману Спиридону из далеког Јерусалима са једног од својих путовања у Свету земљу (вероватно 1234. године) пише у Студеницу обавештавајући га о себи са пуно братске љубави, чежње и бриге према отаџбини, шаљући му поклоне. Доментијан је записао две беседе које је Свети Сава изговорио у Студеници, једну као игуман овог манастира, а другу као архиепископ српских и поморских земаља.

Наследници на трону Стефана Немање, генерацијама кроз векове, показали су се као истакнути задужбинари Студенице, било материјалном потпором, било изградњом нових ктиторија сакралне или профане намене. Краљ Радослав, унук Стефана Немање, подигао је око 1235. године монументалну спољашњу припрату испред Богородичиног храма. Српски краљ Милутин саградио је 1314. године малу цркву посвећену светим Јоакиму и Ани, ангажујући најбоље византијске уметнике.

На основу бакрореза израђеног 1733. године у Бечу по поруџбини патријарха Арсенија IV Јовановића Шакабенте, зна се да се некада у самом комплексу Манастира налазило чак 14 цркава, од којих су данас потпуно сачуване три, које су и богослужбено активне